伴随着知网名气高涨的，还有用户对它的怨声载道，因为知网涨价幅度过高。据了解，从2000年开始，知网开始实行使用费每年10%涨幅的定价策略。此前，知网的使用费相对较低，加上订阅了知网后。能省下订阅其他学术期刊的费用，因此高校等用户也能接受。 但是，自从知网查重系统被各大高校引进后，知网的使用费一路飙升。
从2010年到2016年，知网的报价涨幅为132.86%。年平均涨幅为18.98%，已经远远超过10%。尤其是2014年知网和中国学术期刊（光盘版）电子杂志社从全民所有制变更为法人独资，并作为良性资产并入上市公司清华同方之后，知网更是有恃无恐地涨价。
“由于数据库商涨价过高，图书馆目前正在全力与对方进行2016年的续订谈判。上一年度的合同期截止到2016年3月31日，期满后数据库商随时可能中断北大的访问服务。”公告中的“数据库商”便是知网。2016年，这份北京大学的公告彻底引爆了舆论。连北京大学都买不起知网使用权了，这得多高的使用费啊？
类似案例还有很多。2016年，武汉理工大学也曾发布知网停用通知，理由便是续订价格涨价离谱，且双方谈判非常艰难;而从2013年底起，云南高校图书情报工作委员会旗下所属的近10所省属重点高校就已停用了知网。
在学校与知网的谈判过程中，知网一直扮演着比较强势的角色，对大幅提高的年度使用费没有任何说法和商讨余地。
对于武汉理工大学的公告。知网的回复是：如果到期后不按现价格续约，就立即断开数据库连接。果然，还没到期，武汉理工大学图书馆就发现知网账号已经失效了。真的是应了那句话，“曾经的他，你爱理不理;现在的他，你高攀不起。”
面对这样不平等的商业谈判，机构用户们也毫无办法。武汉理工大学和北京大学最终还是向知网妥协了。毕竟。不爽是一回事，实际需求又是另一回事。虽然大家一直在找其替代品，但一直没找到合适的。
烦恼的还有写论文的学生们，论文完稿后需要自己到知网进行预查重，以防不能通过学校的学术审查。但是知网仅向高校开放查重服务，所以代论文查重这样的灰色产业便水到渠成地诞生了。
某些高校的知网账户管理员会在一些电商平台上提供知网论文查重服务，本科论文200元/篇，硕博士论文350元/篇。一般一篇论文至少要检测两三次。这样下来，一篇论文查重至少就得花费1000元，对于普通学生来说，是承受不起的。
市场上没有其他论文数据库吗？有。比如维普网和万方数据库，它们的价格只有知网的零头，知网1年的使用费都能够买维普数据库10年的使用权了，但是它们的数据库资源都没有知网那么齐全。
与机构用户们日益增加的埋怨相反的是，知网营收的蒸蒸日上。据清华同方2018年公布的半年报显示。2018年上半年收入超过5亿元，预计全年收入过10亿元，毛利率超过61%。
